Как принудить собственника направить заявление в УО о наличии проживания в его квартире незарегистрированных жильцов. Какие санкции к ним можно применить? Может ли их обязать суд?

Суд обязать собственника направить такое заявление не может.
Санкцией, которой можно воздействовать на собственника, является возмещение убытков.
Способом защиты права управляющей организации в данном случае является требование о возмещении убытков, причиненных бездействием собственника, не сообщившего о проживающих. Факт бездействия обязана доказывать управляющая организация.